היא מסגרת הסיוע של לשכת המדען הראשי בתמ"ת, המטפלת ברובד של התשתית הטכנולוגית לתעשייה הישראלית, שפועלת החל מ-1994.

ייחודה של תכנית מגנ"ט הוא בהיותה מכשיר לניצול יעיל ומכוון של המשאבים הלאומיים המוקצים למחקר ולפיתוח התעשייתי. יתרון זה מושג באמצעות יצירת שיתוף פעולה אמיתי בין  חברות תעשייתיות, ובינן לבין מוסדות מחקר, במו"פ של טכנולוגיות טרום-תחרותיות ובהטמעתן.

 במסלול המרכזי פועלים הגופים מהתעשייה והאקדמיה תוך שיתוף פעולה המבוסס על יצירת חזון משותף, הגדרת הטכנולוגיות העשויות להקנות את היתרון התחרותי בהגשמתו וחלוקת עבודה עניינית בין השותפים. תכנית הפעולה נשענת על פיתוח מרכיבי הידע הדרוש לכל אחד מהשותפים, וכן על ניצול הידע המצרפי לשם פיתוח מוצרים בעתיד.

 במקביל למסלול זה, מופעל מסלול של הפצה והטמעת טכנולוגיות בתעשייה הישראלית, במסגרתו פועלים הגופים כמסגרת אחודה להכרות עם טכנולוגיות מתקדמות, הפצתן והטמעתן בחברות תוך הסתייעות הדדית בנסיון של החברים באיגוד.

 משנת 2000, הורחבה הפעילות למסלול נוסף – ה"מגנטון" – שייעודו עידוד וסיוע בהעברת טכנולוגיות מהאקדמיה לתעשייה תוך ביצוע שיתוף פעולה דואלי בין תעשייה אחת וקבוצת מחקר אחת מהאקדמיה.

 בשנת 2002 החילונו במסלול נוסף – "נופר" -  שייעודו עידוד מיצוי הפוטנציאל היישומי של המחקר האקדמי לתועלת התעשייה בישראל. מסלול הממוקד בתחומי הביוטכנולוגיה והננו טכנולוגיה בלבד.